A norte do Concelho de Alcobaça, na freguesia de Pataias, a Lagoa de Pataias é uma zona húmida emerge no meio da vasta área de pinhal bravo. Devido a usos indevidos, no passado, a água está poluída por nutrientes que promovem o crescimento excessivo de matéria vegetal, que consequentemente origina a falta de oxigénio na água, ou seja eutrofização, tipicamente das zonas húmidas interiores, que conduz à mutação dos ecossistemas terrestres, mas neste local, o processo antrópico foi catalisador de tal. Devido à dependência da precipitação, e juntando a situação extrema, em 2005, culminaram na evaporação de água desta lagoa – um acontecimento que não sucedia desde 1944, que consequentemente, extinguiu a ictiofauna, base da cadeia alimentar, influenciando os demais grupos de animais, como anfíbios, mamíferos e aves. Aquando a presença da água poluída, os nutrientes acumulavam-se nos sedimentos da base da lagoa, que foram removidos mecanicamente, para posteriormente, na época das chuvas, a água acumulada não voltasse a piorar. Após um inverno chuvoso, a cota desta lagoa recuperou ao ponto de equacionar o repovoamento de peixes, como os ruivacos. A requalificação total desta lagoa encontra-se em desenvolvimento.

Um das maiores manchas florestais do concelho de Alcobaça é o Pinhal de Leiria, na freguesia de Pataias, juntamente com a Serra dos Candeeiros e o Vimeiro, no Carvalhal do Gaio.

O Parque Natural das Serras de Aire e Candeeiros é um importante repositório de formações calcárias, em Portugal. A sua morfologia cársica, coberta pela vegetação, contém uma rede de cursos de água subterrâneos e uma fauna específica. Este parque possui uma área com 35 mil hectares, distribuídos pelos distritos de Leiria e Santarém, pelos concelho de Alcanena, Alcobaça, Porto de Mós, Rio Maior, Santarém, Torres Novas, Vila Nova de Ourém e por 32 freguesias.

O Vale da Ribeira do Mogo localiza-se na freguesia de Prazeres de Aljubarrota, é um vale com uma morfologia cársica, com uma vegetação mediterrânica, que promoviam o habitat de eleição para as diversas espécies de animais, senão fosse pela desflorestação e o progressivo isolamento da área, ou como a caça de presas, que inviabilizaram a espécie do lince-ibérico, em território nacional. Apesar de não estar incluído na área do Parque Natural das Serras de Aire e Candeeiros, este vale é fisicamente semelhante e apresenta potencialidades para ser obter o estatuto de proteção.