As Ilhas Desertas é o nome do conjunto de três ilhas mais pequenas, que se encontram a sudeste da Ilha da Madeira, sendo compostas pelo o Ilhéu Chão, a Deserta Grande e o Bugio, que pertence administrativamente ao concelho de Santa Cruz. Estas ilhas de origem vulcânica apresenta um coloração entre o avermelhado e o amarelado, estendendo-se por cerca de 37,700 metros, que se erguem por escarpas muito inclinadas. Estas ilhas são o novo lar do Lobo-marinho, que ali reside numa colónia, em recuperação populacional, sendo considerada, assim, uma espécie emblemática na Reserva Natural das Ilhas Desertas, que são acompanhados por aves marinhas, que escolheram este local como local de nidificação. Hoje em dia, esta Reserva Natural é o último refúgio na massa oceânica para uma muitos animais, nomeadamente a Foca Monge (Monachus monachus) ou Lobo-marinho, a foca mais rara do Mundo, tendo sido a apresenta destes mamíferos a grande razão para que fosse criada uma área de proteção no ano de 1992, passando a designar-se Reserva Biogenética, pelo Conselho da Europa. Porém, foram impostas medidas para preservar esta Reserva, como a total proibição da pesca submarina e navegação da parte sul da ilha, para qualquer embarcação é necessário uma credencial dos Serviços do Parque Natural da Madeira. Portanto, este espaço visa a preservação e proteção de todo o conjunto de fauna e flora, raros e únicos desta ilha, que atualmente pertence à Rede Natura 2000.

Nestas ilhas encontram-se diversas espécies raras e endémicas, entre as quais destaca-se foca-monge do Mediterrâneo, relativamente aos peixes e crustáceos conta-se as castanhetas (Chromis limbata e Abudefduf luridus), a (taínha Liza aurata), a boga (Boops boops), o sargo (Diplodus sp.), a garoupa (Serranus atricauda), o bodião (Sparisoma cretense), o peixe-cão (Bodianus scrofa), o peixe-verde (Thalassoma pavo), o caranguejo-cabra (Grapsus ascensionais), ou o cavaco (Scyllarides latis) e ao longo da costa avistam-se diversas espécies de tartarugas e cetáceos. Também sendo uma zona procurada para a nidificação de aves marinhas, estas ilhas acolhem a cagarra (Calonectris diomedea borealis), o roque-de-castro (Oceanodroma castro), a alma-negra (Bulweria bulwerii), e a freira-do-Bugio (Pterodroma deserta), para estas espécies, estas ilhas são um último refúgio, a nível mundial. Já a ilha Deserta Grande sustenta a maior colónia de alma-negra (Bulweria bulwerii) do Atlântico e do mundo; já a freira-do-bugio (Pterodroma deserta) nidifica exclusivamente no Bugio. Durante todo o ano, estão as aves residentes, como o corre-caminhos (Anthus bertheloti madeirenses), uma subespécie endémica do Arquipélago da Madeira e o canário-da-terra (Serinus canaria canaria), uma subespécie endémica da Macaronésia. No que respeita às aves rapinas, nestas ilhas avistam-se o francelho (Falco tinnunculus canadienses), uma subespécie endémica da Macaronésia, a manta (Buteo buteo harterti) e a coruja-das-torres (Tyto alba schmitzi), subespécies endémicas do Arquipélago da Madeira. No grupo dos Invertebrados, encontra-se no subgrupo dos artrópodes, a tarântula-das-desertas (Hogna ingens), um aracnídeo endémico destas Ilhas, habitam apenas no Vale da Castanheira, no extremo norte do topo da Deserta Grande. Ainda não é conhecida profundamente a fauna malacológica, estudos confirmam cerca de 50 espécies e subespécies de moluscos terrestres, dos quais 44 são endémicos e alguns raros, como a lagartixa (Teira dugesii mauli) é o único e endémico réptil terrestre que habita nas Ilhas Desertas.

Já, a flora das Ilhas Desertas é diversificada, peculiar e rica em plantas específicas da Macaronésia, tipicamente madeirenses. Cerca de 200 espécies de flora vascular foram encontradas nestas ilhas, em que cercas de 30% são endémicas e 10% são restritas à Macaronésia. A ilha com uma maior diversidade de habitats e plantas é a Deserta Grande, que sustenta três endemismo únicos, a Couve-da-rocha Sinapidendron sempervivifolium, a Frullania sergiae e a Musschia isambertoi. A vegetação destas ilhas remontam a 1868, realizados por Lowe, que defini duas zonas de vegetação: a primeira zona, designada por marítima, caracterizada por plantas indígenas como a Cenoura-da-rocha Monizia edulis, o Goivo-da-rocha Matthiola maderensis e a vaqueira Calendula maderensis; a segunda zona, designada por montanhosa que é caracterizada por plantas como Lotus argyrodes, a estreleira Argyranthemum haematomma e Trifolium angustifolium. Relativamente às comunidades de vegetais e bioclima destacam-se as florestas de Zambujal (Olea maderensis-Maytenetum umbellatae) e Laurissilva do Barbusano (Semele androgynae-Apollonietum barbujanae).