Com uma orla costeira muito bem preservada e conservada, juntamente com uma paisagem e cultura rural tradicional e uma elevada biodiversidade, cerca de metade da área do concelho de Aljezur foi incluído Rede Nacional de Áreas Protegidas e de praticamente toda a área na Rede Europeia para a Conservação da Natureza – Rede Natura 2000, devido às suas características ambientais e visto que é uma zona de interface mar-terra, com um grande valor geológico e também é uma zona de contacto de várias regiões biogeográficas, que apresenta uma grande variedade de comunidades de aves, mamíferos, invertebrados, plantas e peixes e de habitats, desde as arribas escarpadas, às praias de areia fina e zonas de charneca, sapais, estuários, nomeadamente as ribeiras de Aljezur, de Seixe e da Carrapateira, lagoas e cursos de águas temporários.

Aljezur é muito procurado pelas suas praias tranquilas cercadas pelas altas arribas xistosas, que tanto se prolongam terra dentro em dunas extensas, como moreira, Monte Clérigo, Bordeira, ou tanto formam conchas ou grandes extensões de areia dourada rodeadas por rochas negras altaneiras, como Odeceixe, Arrifana, Vale dos Homens, Vale Figueiras, Amado. Estas são o paraíso para os pescadores, surfistas e praticantes de bodyboard, mas também para os amantes da natureza e para as famílias.

Um dos aspetos interessantes desta região é a diversidade de aves, em que se destacam as migratórias que escolhem esta zona como corredor de passagem entre a Europa e o Norte de África. Já, no outono, as aves planadoras migram também, em que milhares de aves de rapina entre outras, escolhem também esta zona. Já, nas falésias rochosas, encontram-se espécies que elegem estas para nidificarem, nomeadamente o falcão-peregrino e a gralha-de-bico-vermelho, nas zonas de arribas marítimas a cegonha branca escolha estas para nidificar, sendo o único caso de utilização desta zona. Ao longo da costa, encontra-se a única população portuguesa de lontra, que usa este meio para se alimentar de peixes e crustáceos litorais, é uma espécie rara na Europa. A conservação do litoral marinho é muito importante para a manutenção de espécies, como é o mero, um peixe em vias de extinção, que se encontra na costa portuguesa. Relativamente, aos meios ambientes ribeirinhos, as espécies que nidificam nas ribeiras de Aljezur e de Seixe, são as garças vermelha e pequena, o galeirão e passeriformes, como o sonoro rouxinol-grande-dos-caniços. Ao anoitecer, os comedores de insetos surgem, nomeadamente o morcego-de-água e o morcego-de-peluche.

Em terra, as espécies que predominam esta região e que são avistadas frequentemente são as raposas, ginetos, texugos e fuínhas e, no interior, o saca-rabos, o gato bravo e o javali.

No que respeita à flora desta região, destaca-se a zona do Parque Natural, que conta com vinte e sete espécies raras. Enquanto nas falésias e nas arribas litorais, a flora está condicionada pela intensa ação do vento, que não permite o desenvolvimento das comunidades arbóreas ou arbustivas; já nas plataformas elevadas, no planalto litoral encontra-se campos dunares denominados de “medos”, com uma vegetação de espécies endémicas como a Biscutella vicentina e a Armeria royana. De abril a junho, floresce num pequeno arbusto arredondado, com grande interesse ornamental, a joina-das-areias, que apresenta uma floração amarela. No meio marinho litoral, encontra-se uma grande variedade de algas e bancos de gelídeo, que em conjunto produzem uma importante matéria-prima para a produção nacional de ágar-ágar, que o hidrocolóide extraído de vários géneros e espécies de algas marinhas. O polímero de agarose é dissolvido em água quente e depois arrefecido, tomando uma consistência gelatinosa, utilizada em investigação laboratorial, medicina, culinária e na indústria. Por fim, nas serras destaca-se o medronheiro, com o seu fruto que é bastante apreciado no fabrico de aguardentes, uma tradição das gentes locais. Outras espécies florestais aqui encontradas são o o sobreiro, o pinheiro manso e bravo são também frequentes; a terra também oferece um conjunto de espécies aromáticas e medicinais, como o rosmaninho, o tomilho, o loureiro, o orégão e outras, como o tojo ou a urze.