A Reserva Natural do Sapal estende-se ao longo ao longo do rio Guadiana, entre a vila de Castro de Marim e a cidade de Vila Real de Santo António, abrangendo uma área de 2090 hectares. Esta zona composta por zona húmidas de salinas, sapais e esteiros e zonas rurais de areias, xistos e grés vermelhos, que são acompanhadas por inúmeras aves aquáticas sedentárias e migratórias, como o Pato Real (Anas platyrhynchos) e o Flamingo (Phoenicopterus ruber) e espécies vegetais exclusivas tolerantes ao elevado teor salino (Spartina maritima). Esta reserva contém um itinerário ambiental e um Centro de Informação que oferece uma visão panorâmica sobre o Sapal. Esta zona inclui vários habitats como os sapais, salinas, charcos de água salobra e doce, valas e esteiros, que conjuntamente formam uma rede de canais e áreas inundadas. Atualmente, estas são as paisagens melhor preservadas de toda a costa da região, devido à sua fraca intervenção humana, que salvaguardou a beleza natural e pura do rio Guadiana, os extensos sapais e alfarrobais. Nesta reserva, a vegetação dominante é a halófita, que as suas características permitem a sua sobrevivência em ambientes salinos, com inundações cíclicas, os cômoros das salinas encontram-se povoados por pequenos arbustos que favorece a proteção da avifauna, que procuram esta zona para a sua nidificação como o Borrelho-de-coleira-interrompida, Andorinha-do-mar-anã, Alfaiate e Perna-longa, Colhereiro e Alfaiate e o Flamingo.

Entre Vila Real de Santo António e Monte Gordo, numa extensão de 3 quilómetros, encontra-se a Mata Nacional das Dunas Litorais de Vila Real de Santo António que se assume num papel de proteção desta região, agindo como meio de fixação do sistema dunar, controlando os ventos marítimos e abrigando fauna selvagem. Esta alberga uma importante população de Camaleão, réptil que tem aqui um dos últimos redutos do seu habitat natural. E acolhe vegetação dunar composta por estorno (Ammophila arenaria), cordeiros-da-praia (Otanthus maritimus), cardo-marítimo (Eryngium maritimum) e narciso-das-areias (Pancratium maritimum).

O rio Guadiana nasce das Lagunas de La Ruidera, na província espanhola de Albacete, para desaguar no Atlântico, junto a Vila Real de Santo António e Ayamonte (Espanha), percorrendo uma extensão de 830 quilómetros. A zona mais próxima da foz, o estuário é o limite que assinala a fronteira entre a água e o continente ou entre as influências da água doce do Rio e a salgada do Oceano, que criam uma grande variedade de componentes físicos, químicos e biológicos. Podendo ser diárias, consoante a ação da maré, enchente ou vazante; ou sazonais, em que a chuva pode fazer submergir territórios secos em outras alturas e causar grandes variações na relação entre água doce e água salgada; ou então resultantes da ação humana, com as descargas das barragens. Apesar de se apresentar sereno, o leito do Guadiana, pode sofrer mudanças e assumir diferentes características, que possibilita a variação de espécies. Os afluentes do Guadiana são geralemente, ribeiros que se forma por ação da chuva, o que torna o seu caudal médio baixo face à generalidade dos rios ibéricos, porém, as suas características são semelhantes aos dos rios mediterrânicos. Descendo o Guadiana, a água doce predomina até ao Álamo, uma zona intermédia que se estende até ao ponto de desagua da Ribeira de Odeleite e a dominância passa a ser água salgada. Em torno do leito do Guadiana estendem-se zonas húmidas, planas nos primeiros 10 quilómetros a partir da Foz, os terrenos de areia ou argila formam os sapais e nas zonas mais irregulares desde esse ponto até à zona de Alcoutim ios terrenos são de xisto e cascalho. Sendo sucessivamente ocupadas, as margens do Baixo Guadiana, os fenícios (do século VIII a.C.) e os gregos (dois séculos depois) abriram o caminho seguido por cartagineses, romanos e árabes, que utilizaram o rio como via de penetração no sudoeste da Península Ibérica. Estas épocas o rio era navegável até Mértola, originando um intenso transporte de mercadorias, como minérios, trigo, couro, mel, azeite, sal ou pescado. Porém, Guadiana tornar-se-ia a fronteira entre Portugal e Espanha, após ocupação cristão no Algarve, no século XIII e da Andaluzia no século XV, enquanto as restantes zonas foram ocupadas pelos mouros, como Ayamonte em 1239 e Castro Marim e Cacela em 1240. Nos finais do século XX, o Guadiana continuou a ser importante para a comercialização e hoje em dia, é visto apenas como um local para desfrutar da sua plenitude paisagística e ambiental.

Uma área importante para as aves é a Lagoa dos Salgados, sendo um pequeno sistema lagunar que se assume com maiores dimensões durante a época das chuvas. É composto por pequenas ilhotas de vegetação, de plantas hidrófilas e halófilas, que permitem a presença de uma vasto leque de espécies de pernaltas às mais pequenas, nomeadamente o borrelho-de-coleira-interrompida, o perna-longa, o flamingo ou o colhereiro.