É uma cidade do distrito de Faro, sendo um dos municípios com uma única freguesia, que corresponde à totalidade do território concelhio. Este encontra-se limitado por Tavira a norte e a leste, por Olhão a sudeste, por Faro a sul e por Loulé a oeste.

Este território esconde uma história com milhares de anos, em que a ocupação humana remonta à pré-história, desde o Paleolítico, conferido por vários achados, tais com as lascas se sílex, quartzo e quartzito, um brunidor de xisto negro e um seixo em xisto jaspóide que aparenta ter desenhado numa das superfícies um bovídeo e na outra, um cavalo (arte móvel). Outros períodos com uma história mais relevante são o romano e o medieval islâmico.

A ocupação romana foi atesta pelos achados e vestígios encontrados nesta região, que apontam para a existência de necrópoles, casais agrícolas, uma villa, uma mutatio, ou seja uma estação muda de animais e carros para viajantes, e calçadas que interligavam a antiga rede viária romana. Nestes locais foram descobertos fragmentos de cerâmica fina de campaniense e terra sigillata; comum; de armazenamento de ânforas e dolia; e de construção de tegulae, ímbrices e tijolos; e de iluminação como as lucernas; também foi encontrado um mascarão de asa de sítula ou de pega de panela e de sepulturas com espólio que remete para o século II/I a.C., sendo mesmo prolongando até ao IV–V d.C. Mais tarde foram encontrados dois monumentos funerários, em ara, tendo um deles uma inscrição dedicado a Cecília Marina e uma decoração em relevo nas quatro faces considerada como única no Conventus Pacensis.

Já a ocupação islâmica foi confirmada através de fontes documentais mais sítios arqueológicos que apresentam cronologicamente a ocupação entre os períodos Califal, entre os séculos X e XI; e Almóada, entre os séculos XII e XIII, nesses vestígios encontram-se alcarias e pequenos povoados agrícolas, alguns localizados junto de vias calcetadas. Em alguns locais foram descobertos artefactos cerâmicos, nomeadamente louça de mesa; de cozinha entre panelas e alguidares; de armazenamento como cântaros, e talhas; e de construção tal como telhas digitadas; e ainda artefactos metálicos, tais como dois amuletos, visto como objetos profiláticos com inscrições religiosas dos séculos XI e XII e de XII e XIII, juntamente com um conjunto de moedas que integra um dinar, uma moeda em ouro.

Desde o século II ou I a.C., ou seja, da época romana, até à fundação do concelho no ano de 1914, São Brás de Alportel sempre pertenceu à cidade de Faro, antiga Ossonoba, uma razão pela que mantém um intima cidade com esta. Porém pouco é conhecida a sua história desde entre a última conquista do Algarve, em 1249/1250 e a Visitação da Ordem de Santiago, em inícios do século XVI.

Já no século XV, São Brás de Alportel teria apenas uma ermida, que se situava-se perto da via de origem romana, sendo a atual “Calçadinha”, que estabelecia ligação entre Faro e as terras do norte. No século seguinte, São Brás de Alportel foi elevado a sede de freguesia, sendo reconstruido um novo templo, com maiores dimensões e mais amplo.

Entre os séculos XVII e XVIII, com a transferência da sede de bispado de Silves para a cidade de Faro, o Bispo do Algarve mandou erguer em São Brás de Alportel o Palácio Episcopal.

No século XIX, esta região tornou-se um importante centro económico devido às plantações de sobreiros que impulsionaram o desenvolvimento comercial e tornaram esta freguesia a maior produtora de cortiça em Portugal.

Em inícios do século XX, o movimento em defesa de autonomia desta região nasceu na mão de João Rosa Beatriz, natural de São Brás de Alportel, foi defensor da criação do município de São Brás de Alportel, e juntamente com a Comissão Paroquial Republicana organizaram um movimento que ganhou força em 1910, devido às condições políticas como naquele governo encontravam-se velhos correligionários da propaganda republicana, conhecidos de João Rosa Beatriz. Contudo, são erguidas muitas barreiras a este movimento, em que obrigaram João Rosa Beatriz a deslocar-se diversas vezes a Lisboa, para solicitar apoio de diversas personalidades decisivas para a elevar São Brás de Alportel a concelho. A dezembro de 1912, chefe revolucionário Machado Santo apresenta o projeto lei que outorga a autonomia administrativa da então freguesia com mais população do concelho de Faro, à Câmara de Deputados. Os esforços e diligência de João Rosa Beatriz obtiveram bons resultados e São Brás foi elevado a concelho em 1914.

Posteriormente a estes acontecimentos, foi criada uma Comissão Administrativa provisória, em que presidia Virgílio de Passos. De modo a instalado o novo município, e apesar de alguns confrontos, em setembro foi cedida a Câmara de Alportel do Paço Episcopal e Residência paroquial para escolas oficiais do ensino poderem funcionar.

Já em outubro de 1914, João Rosa Beatriz foi nomeado para cargo de administrador interino do concelho, pelo Governador Civil de Faro, em que este estabeleceu como prioridade a educação pública, seguida da segurança, manutenção da ordem pública e acessos à vila de São Brás de Alportel. Em novembro, foi eleita a primeira Comissão Municipal da vila, tendo como o presidente do Senado, José Pereira da Machada.

Após uma mudança política, o rumo dos acontecimentos alterou-se, em que o governo democrático nomeou um novo Governador Civil para o distrito de Faro, que por sua vez, exonerou João Rosa Beatriz do cargo e substitui-o pelo Dr. José Baptista Dias Gomes. Contudo e apesar de ter sido destituído, João Rosa Beatriz não deixou de professar os seus ideais e amor à sua terra, sempre lutando pelos benefícios, desde a instalação de uma biblioteca móvel na vila, à criação de um cartório municipal, à colocação de um carteiro rural no município e a instalação da linha-férrea que estabelecia ligação entre Loulé e São Brás.

Os ventos da história mudaram rumos, ideias, opiniões e especialmente sonhos que guiaram os intrépidos fundadores e pais do concelho de São Brás de Alportel.